کمیسیون شکایات یکی از فعال ترین و پرمخاطب ترین کمیسیون ها در تمامی اتحادیه می باشد. وظیفه این کمیسیون رسیدگی به شکایات مردمی از کسبه و واحدهای صنفی می باشد. هدف اصلی این کمیسیون حل اختلافات بین شاکی و متشاکی در محل کمیسیون می باشد، که در اکثر موارد با وساطت منجر به حل مشکل می شود. 

با کمک و یاری متخصصین زبده این کمیسیون به صورت مرتب به کلیه شکایاتی که از سوی سازمان های ذی صلاح همانند: اتاق اصناف، صنعت، سازمان معدن و تجارت، تعزیرات حکومتی و افرادی که مستقیما به اتحادیه مراجعه می نمایند در زمینه های مختلف رسیدگی می گردد.